不同的分娩方式会对婴儿肠道菌群发育带来不同影响，剖宫产的婴儿更易发生过敏。
肠道菌群是一个复杂的微生态系统，对调节机体免疫具有重要作用。肠道菌群的结构受到许多外部环境和营养因素的影响，分娩方式就是影响婴儿肠道菌群定植的重要因素之一。因为在自然分娩过程中，婴儿通过接触母亲产道及分娩环境的细菌，在肠道有不同菌群的定植。然而剖宫产婴儿却是暴露于特定的医院无菌环境，其肠道菌群的定植是推迟的，并且双歧杆菌的定植率低，这可能就是剖宫产婴儿易患感染、过敏风险升高的主要原因。
另外，喂养方式也直接影响肠道菌群的定植，纯母乳喂养的婴儿肠道内双歧杆菌和乳酸杆菌占整个结肠细菌总数的90%以上，而双歧杆菌和乳酸杆菌能有效保护其免受肠道感染和过敏的侵袭。对于那些本身就是过敏体质的妈妈，妈妈可以在怀孕期产前一个月开始服用益生菌，婴儿从出生后到一岁期间也需坚持服用益生菌，这样可以有效减少婴儿期湿疹的发生。
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