货物运输合同纠纷一般通过协商解决、调解、仲裁和诉讼渠道解决。合同双方在发生纠纷时，一般先协商解决，若双方协商意见不能达成一致，双方可以选择仲裁或诉讼的方式，根据法律条例进行判决来解决货物运输合同纠纷。未按约定时间和要求向承运人交付货物或者有关文件的，应依法律的规定承担继续履行、支付违约金、赔偿损失等民事责任。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百七十九条 承担民事责任的方式主要有：
（一）停止侵害；
（二）排除妨碍；
（三）消除危险；
（四）返还财产；
（五）恢复原状；
（六）修理、重作、更换；
（七）继续履行；
（八）赔偿损失；
（九）支付违约金；
（十）消除影响、恢复名誉；
（十一）赔礼道歉。
法律规定惩罚性赔偿的，依照其规定。
本条规定的承担民事责任的方式，可以单独适用，也可以合并适用。
《中华人民共和国民法典》第五百七十七条 当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
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