消化不良不但会给人带来疼痛不适的感觉，也会引发其它的疾病，对健康不利，所以应该适当用药进行治疗，最好是在医生指导下用药比较安全。
(1)胃蛋白酶本品能在胃酸参与下使凝固的蛋白质分解，用于消化机能减退引起的消化不良。
(2)乳酶生(表飞鸣)为活肠球菌的干燥制剂。能在肠内分解糖类，生成乳酸，使肠内酸度增加，从而抑制菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少嗳气，促进消化和止泻。用于消化不良，腹胀及小儿饮食失调所引起的腹泻，绿便等。
(3)胰酶(又称胰液素，胰酶素)在中性或弱酸性环境中可促进蛋白质、淀粉及脂肪的消化。可用于消化不良、食欲不振，以及肝、胰腺疾病引起的消化障碍。
(4)补充肠道益生菌，在肠内生成多种消化酶，促进肠道对营养的合成及吸收，促进肠道正常蠕动，消除腹胀、返酸、嗳气、肠鸣等多种消化不良症状。
(5)多潘立酮(又称吗丁啉、胃得灵)能增加胃肠平滑肌张力及蠕动，使胃排空速度加快，胃部得以畅通、消化和推进食物，促进食物及肠道气体排泄，从而消除消化不良的各种症状。用于消化不良、腹胀、嗳气、恶心、呕吐。
另外，除了西药之外，中成药也可以治疗消化不良，如山楂、六神曲(炒)、麦芽(炒)等。用于食欲不振，消化不良。
众所周知，消化不良的患者大部分是由于饮食无规律及长期的不健康生活习惯等导致的，专家建议消化不良的患者要多吃些山楂等开胃的食物，同时要按时吃饭，保证饮食有规律，还可以经常进行腹部按摩，促进肠胃的消化。
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