公司已注销税务局是否还会查账要看具体情况定。根据《税收征管法》第29条规定，账簿、记账凭证、报表、完税凭证、、出口凭证、以及其他涉税资料应保存10年。虽然你的公司注销了，但是以前合作过的客户还在经营，并且有些款项没有结清或没开，因此税务局到客户公司进行稽查时，可能需要查看已注销公司的账簿。
一、税务登记怎么注销
税务登记的注销办理，需要先前往国税局办理国税税务登记证的注销登记和地税税务登记证的注销。企业财务人员填写《注销税务登记申请表》，并到相应国税局申请和税款的清缴，再携带《注销税务登记申请表》前往主管税务机关的对应服务窗口申请办理税务注销。主管税务机关的办税人员录入受理的资料信息，并将回执单交给办税人员；主管税务机关会对注销申请进行相应的稽查、核准，并将核准意见盖上税务公章后交给办税人员；办税人员凭此项盖上公章的《注销税务登记申请表》，加上其他的相关材料到对应窗口办理注销核准的手续。经税务局核准注销后，税务机关收回纳税人的税务登记证正（副）本。同时，为纳税人提供《注销税务登记通知书》。
二、哪些情况需要注销税务
下列情况需要注销税务：
1.因解散、破产、撤销以及其他情形，依法终止纳税义务。
2.按规定不需要在市场监督管理机关或者其他机关办理注销登记的，但经有关机关批准或者宣告终止的。
3.被市场监督管理机关吊销营业执照或者被其他机关予以撤销登记的。
4.因住所、经营地点变动，涉及改变税务登记机关的。
5.非居民企业在中国境内承包建筑、安装、装配、勘探工程和提供劳务的，项目完工、离开中国的。
6.外国企业常驻代表机构驻在期届满、提前终止业务活动的。
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