运输合同印花税税率为万分之三。运输合同的印花税以合同所列明的运输费用作为基准进行计算，运输合同指货运合同和多式联运合同印花税由纳税人按规定应税的比例和定额自行购买并粘贴印花税票，即完成纳税义务。证券交易印花税，是印花税的一部分，根据书立证券交易合同的金额对卖方计征，税率为万分之一。
运输合同印花税的纳税人为单位的，应当向其机构所在地的主管税务机关申报缴纳印花税；纳税人为个人的，应当向应税凭证书立地或者纳税人居住地的主管税务机关申报缴纳印花税。印花税指以经济活动和经济交往中，书立、领受应税凭证的行为为征税对象征收的一种税，其纳税义务人包括立合同人、立据人、立账簿人、领受人、使用人等。
法律依据：《中华人民共和国印花税法》第一条
在中华人民共和国境内书立应税凭证、进行证券交易的单位和个人，为印花税的纳税人，应当依照本法规定缴纳印花税。
在中华人民共和国境外书立在境内使用的应税凭证的单位和个人，应当依照本法规定缴纳印花税。
附件《印花税税目税率表》
运输合同，指货运合同和多式联运合同（不包括管道运输合同），税率为运输费用的万分之三。
