由于肝脏或肾脏移植患者的疾病非常严重，且经常是多药合用，与免疫抑制剂相关的副作用通常难以确定。有证据表明普乐可复的多种不良反应均为可逆性，减量可使其减轻或消失。与静脉给药相比，口服给药的副作用发生率较低。多数患者似乎在术后最初几周出现较多的不良反应，可能与高剂量静脉用药有关。
普乐可复较常见的副作用有：
震颤、头痛、感染、肾功能损害、高血压、高钙血症、高血糖和低磷血症。
失眠、思维障碍、视力下降、便秘、腹泻和白细胞增多也多见。
偶尔可有中枢神经系统和感觉异常（如抑郁、神经疾病、精神紧张、焦虑、肌张力增高、共济失调、情绪不稳、健忘和脑病）。
呼吸系统疾病（呼吸困难、肺不张）、心血管疾病（心绞痛、心律失常、心包积液）和皮肤病变（脱发、瘙痒、出汗、皮疹、光过敏）。
消化系统/肝功能异常（胆管炎、呕吐、肝功能异常、黄疸、消瘦和食欲下降、溃疡、消化不良）。
肾小管坏死、肌肉痉挛、糖尿病、白细胞减少、贫血、水肿、局部疼痛、麻木、皮肤潮红和发热也少见。
血液学和生化指标也可出现异常。
普乐可复罕见的副作用有：
循环系统低血压、心电图异常、心律失常、血栓性静脉炎、心衰、出血、心室/室间隔肥厚、休克。
神经系统：偏头痛、意识模糊、眩晕、嗜睡、反应下降、幻觉、多梦、思维障碍、易激动、精神病。
消化系统：肝硬化或坏死、血肿形成、肠梗阻、腹水、吞咽困难、。
青光眼、耳鸣、耳聋、发音障碍。
其他：骨质疏松、哮喘、男性乳房女性化、多毛症、荨麻疹、淋巴增殖性疾病、恶性肿瘤、自身免疫性疾病、过敏反应、昏迷、痉挛。
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