当员工面临公司克扣自己工资时，首先应该就此问题跟公司协商解决，避免走到最后诉讼仲裁的地步，若是协商不成则员工可以向当地劳动调解部门申请介入调解，需要注意的是此调解并不具备法律的强制性，因此若公司依然拒绝配合，则员工需要向相关劳动仲裁机构申请仲裁，在经过诉讼仲裁的程序之后还可以继续向人民起诉。
举报公司乱扣工资的方式具体如下：
1、到劳动行政部门举报反映（通常是用人单位所属的里的劳动管理监察大队）。
2、也可以直接去用人单位所在区域的劳动仲裁委员会申请仲裁。
3、如果对仲裁结果不满意可以在拿到仲裁书起15天之内到起诉。
4、根据国家规定在仲裁或诉讼的时候，如果劳动行政部门责令用人单位支付乱扣的工资而用人单位不支付的；可以要求除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
法律依据：
《劳动合同法》第八十五条，用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
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