年终奖单独申报操作流程如下：
1、计算年终奖金：企业首先需要计算员工的年终奖金，确定应缴纳的个税金额。根据国家税务局规定，年终奖金的个税计算方式与月薪相同，但税率不同；
2、申报个税：企业需要在国家税务局网站上下载个人所得税申报表，并填写相关信息，包括员工的个人信息、年终奖金金额、应缴纳的个税金额等；
3、缴纳个税：企业在提交个人所得税申报表后，需要在规定时间内缴纳员工的个税。企业可以通过网银、银行转账等方式进行缴纳。
年终奖单独申报需要的资料如下：
1、个人身份证明：包括个人身份证、户口本、社保卡等身份证明资料；
2、工资收入证明：包括个人所在企业的工资收入证明、个人所得税缴纳证明等；
3、年终奖金收入证明：需要提供年终奖金的发放证明，包括企业的发放凭证、收据等；
4、税费缴纳证明：需要提供个人所得税缴纳证明，包括个人所得税申报表、税务局开具的缴纳证明等；
5、银行转账记录：如果年终奖金是通过银行转账方式发放的，需要提供相关的转账记录或银行回单等证明文件。
综上所述，企业在操作过程中需要注意遵循相关的税务规定，确保个税申报和缴纳的准确性和合法性。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》第九条
扣缴义务人每月所扣的税款，自行申报纳税人每月应纳的税款，都应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。
