蒙古高原上较大河流有色楞格河、克鲁伦河 、鄂嫩河-石勒喀河、海拉尔河-额尔古纳河-黑龙江等。蒙古高原多为河流发源地，河水长且水量小，航运价值和水能都很低。内流河多为时令河，夏季为汛期。
从水系上来说，蒙古高原中部的杭爱一肯特山地是一个巨大的世界性的分水岭：杭爱山以北和肯特山以西、以北属北冰洋水系，杭爱山以南和中国内蒙古阴山以北属内陆水系，肯特山以东属太平洋水系。
