法律分析：
犯罪事实已经查清主要是指：
1、定罪量刑的事实都有证据证明；
2、每一个定案的证据均已经法定程序查证属实；
3、证据与证据之间、证据与案件事实之间不存在矛盾或者矛盾得以合理排除；
4、共同犯罪案件中，被告人的地位、作用均已查清；
5、根据证据认定案件事实的过程符合逻辑和经验规则，由证据得出的结论为唯一结论。
起诉书是人民依照法定的诉讼程序，代表国家向人民对被告人提起公诉的法律文书。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百五十二条 判决书应当写明判决结果和作出该判决的理由。判决书内容包括：
（一）案由、诉讼请求、争议的事实和理由；
（二）判决认定的事实和理由、适用的法律和理由；
（三）判决结果和诉讼费用的负担；
（四）上诉期间和上诉的。判决书由审判人员、员署名，加盖人民印章。
第四十九条 当事人有权委托代理人，提出回避申请，收集、提供证据，进行辩论，请求调解，提起上诉，申请执行。
当事人可以查阅本案有关材料，并可以复制本案有关材料和法律文书。查阅、复制本案有关材料的范围和办法由最高人民规定。
当事人必须依法行使诉讼权利，遵守诉讼秩序，履行发生法律效力的判决书、裁定书和调解书。
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