一、核算主体不清晰，违规问题严重
中小企业具有“船小好调头”的优势，同时也有产权不明晰，管理不规范的劣势。我国的很多中小企业，经营权和所有权高度集中，投资方和管理方混为一谈，产权不明晰，都给会计核算工作带来了困难，由于有些企业对会计工作不够重视，不按照规定记账，造成会计核算中很多不规范的地方，比如不设立账面，以票代帐，或者账面管理混乱。在会计核算方面，有些企业用记账的方式操纵利润，或者用收入不计入账面、虚增成本等手段逃税，给国家带来损失。有些中小企业不按照会计制度对固定资产折旧进行分类，而是根据自己需要尽快处理等等，这些操作都没有认真执行相关规定，而是按照经营者的意图随意更改账面，造成会计信息的失真。另外，还存在着一些企业为了降低成本，在交易时愿意和合作方执行较低的价格，会计记账时采用不合规的收据入账或者根本不入账，不仅仅违反会计制度，也有悖于法律的要求。
二、会计人员配备不齐全，机构设置不尽合理
我国大部分企业基础较差，对管理不够重视，造成会计机构设置层次不清晰、分工不具体等问题，有的微小企业为了解决成本，甚至不安排会计人员或者安排自己的亲戚担任会计，有的甚至是一点儿会计知识都不具备，更不用提持证上岗了;还有一部分采用的会计外包的方式，兼职会计问题严重，流动性强，管理性差。同时，还存在着会计人员学历层次低、会计人员老龄化、会计培训不到位等问题。中小企业会计人才缺乏一方面与经营者的个人素质和重视程度有关，另一方面也由于企业规模小，激励方式有限，对优秀会计人员的吸引力不够，造成会计人员招不来，留不住，发展不好，人员不稳定，跳槽现象严重，这些都对企业会计核算水平造成了直接影响。
三、对会计档案重视不够，会计资料保存不善
一些中小企业为了节约成本，没有按照要求将会计档案保存好，既没有专人负责资料的管理，也没有固定的地方存放，造成大量的会计报表和会计凭证随意堆放，到账会计资料损毁、丢失的事情经常出现，这不利于企业的长远发展，比如上市对会计信息的披露要求等等，中小企业的管理者应加强管理，切实保证会计信息的完整性。
四、企业内部控制制度不完善，缺乏有效监督
通过走访，我们发现很多中小企业没有完善的企业管理制度，或不完善或根本没有，有的企业虽然各项规章制度齐全、财务制度健全，但在执行中形同虚设，没有得到真正的实施。一些企业经营者虽然看到这个问题的重要性，但是因为企业小，觉得时机还不是很好，有的则是“心有余而力不足”，现有的管理人员素质无法到达建立完善制度的程度，制度不健全对企业的损害是显而易见的，给企业带来了一些负面的作用，不仅造成内部管理混乱，造成企业资产流失，人员流失，会计失真，无法为经营者决策提供依据和参考，损害了企业的根本利益;而且也对外部管理和监督带来了很多困难。由于一些中小企业的管理者经常干预会计工作，会计很难的处理会计问题，而是受制于老板，按照经营者的意图调整会计，无法真正发挥会计的监督作用。
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