1、直接受理侦查的案件，在侦查中有违法行为的，按以下情形处理：
(1)负责捕诉的部门发现本院负责侦查的部门在侦查活动中有违法情形，应当提出纠正意见。需要追究相关人员违法违纪责任的，应当报告检察长。
(2)上级人民发现下级人民在侦查活动中有违法情形，应当通知其纠正。下级人民应当及时纠正，并将纠正情况报告上级人民。
2、法律依据：《人民刑事诉讼规则》第五百六十九条
一、发现本院办案活动具有哪些情形要提出纠正意见
1、人民负责案件管理的部门发现本院办案活动具有下列情形之一的，应当及时提出纠正意见：
(1)查封、扣押、冻结、保管、处理涉案财物不符合有关法律和规定的；
(2)法律文书制作、使用不符合法律和有关规定的；
(3)违反羁押期限、办案期限规定的；
(4)侵害当事人、辩护人、诉讼代理人的诉讼权利的；
(5)未依法对立案、侦查、审查逮捕、公诉、审判等诉讼活动以及执行活动中的违法行为履行法律监督职责的；
(6)其他应当提出纠正意见的情形。
2、法律依据：《人民刑事诉讼规则》第六百六十五条
二、刑事案件处于逮捕阶段会继续抓捕其他涉案人员吗
刑事案件处于逮捕阶段会继续抓捕其他涉案人员。
刑事案件立案批捕需要遵守机关受到案件资料→审查→立案并且侦查→提出逮捕请求→批捕的流程，具体的流程如下：
1、接受
对立案材料的接收，是指机关、人民或者人民对于报案、控告、举报和自首人员或材料的接待和收留的活动。
2、审查
对立案材料的审查，是指机关、人民或者人民对已经接受的材料进行核对、调查的活动。其任务是正确认定有无犯罪事实的发生，应否追究行为人的刑事责任，为正确作出立案或者不立案的决定打下基础。
3、处理
司法机关对立案材料进行审查和必要的调查后，应分别不同情况予以处理：
1、对于需要立案的案件，先由承办人员填写立案报告表，包括：填报单位、案别、编号、发案时间和地点、伤亡情况及财物折款、案情概述、承办人员姓名及填表时间等。然后制作立案请示报告，经本机关或部门负责人审批后，制作立案决定书。最后，由负责审批人签名或盖章。属于人民直接受理的案件，还要报请上级人民备案。上级人民认为不应当立案的，以书面形式通知下级人民撤销案件。
2、对于决定不立案的，由工作人员制作不立案通知书，有关负责人同意后，将不立案的原因通知控告人并告知控告人如果不服，可以申请复议。主管机关应当认真复议，并将复议结果通知报案，控告，举报的单位或者个人。自诉案件不符合立案条件的，应当在15日以内作出不立案决定，书面通知自诉人并说明不予立案的理由。
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