1、原认定犯罪事实清楚，证据不够充分的，在补充证据后，应当制作《补充侦查报告书》，移送人民审查;对有些证据无法补充的，应当作出说明;

2、在补充侦查过程中，发现新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事责任的，应当重新制作《起诉意见书》，移送人民审查;

3、发现原认定的犯罪事实有重大变化，不应当追究刑事责任的，应当重新提出处理意见，并将处理结果通知退查的人民;

4、原认定犯罪事实清楚、证据确实充分、人民退回补充侦查不当的，应当说明理由，移送人民审查。

我国相关的法律中明确的规定了对于退回机关进行补充侦查的案件是需要在最晚一个月之内进行补充侦查完毕的，但是如果因为案情复杂，且涉及到的犯罪嫌疑人人员众多确实无法再规定时间内完成的，是可以向上级部门申请适当延长补充侦查的时效的。

一、批捕后退查是为什么

批捕，但又被退回补充侦查，说明案件证据不足，影响审理，需要机关补充侦查。

1、被批捕之后案件还会退回机关继续侦查的。对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民批准延长一个月；

2、机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民审查决定；

3、人民对于机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月；

4、人民审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民后，人民重新计算审查起诉期限；

5、人民认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民提起公诉；

6、人民审理公诉案件，应当在受理后一个月以内宣判，至迟不得超过一个半月；

7、法律依据：《刑事诉讼法》第八十条逮捕犯罪嫌疑人、被告人，必须经过人民批准或者人民决定，由机关执行。

二、审查起诉发现职务犯罪怎么处理

审查起诉发现职务犯罪可能需要退回机关补充侦查，不管此时的职务犯罪是漏罪还是新罪，如果认为犯罪事实清楚，证据确实充分，也可以对移送的罪行和发现的遗漏罪(新罪)行一并直接起诉。

法律依据：

1、《人民刑事诉讼规则》

第三百四十二条人民认为犯罪事实不清、证据不足或者存在遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人等情形需要补充侦查的，应当制作补充侦查提纲，连同案卷材料一并退回机关补充侦查。人民也可以自行侦查，必要时可以要求机关提供协助。

2、《刑事诉讼法》

第一百七十五条人民审查案件，可以要求机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

人民审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民后，人民重新计算审查起诉期限。

对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。