（一）、线索来源渠道狭窄。目前，检察机关立案监督的线索来源主要集中在当事人举报、申诉、其他信访部门移送。由于信息渠道不畅，造成相当一部分立案活动未能进入检察机关监督的视线。且从总体上看，普遍存在线索质量差、立案率低的现象，例如一些不应适用刑法调整而由于当事人对法律法规的理解错误或者因为经办人员办案态度差造成当事人不满而四处上访上告的案件。这类案件前提本身就已经错误，对于立案监督活动来说是没有价值的。
（二）、普遍存在立而不侦、侦而不结、久拖不决的现象，影响监督效果。对于检察机关立案监督的案件，有些机关或人员存在抵触情绪，认为这种事情打个招呼就可以了，没必要发正式法律文书，影响其评优评先，从而不愿意配合甚至消极侦查。据统计，邓州市人民三年内向机关发出《要求说明不立案理由通知书》41份，平均每年17份，机关立案21起，仅占50．4％。随着立案监督活动的深入开展，近些年有案不立、有案不移等现象较为好转，但还存在机关收到通知立案书后虽然立案却长期搁置的问题，再加上检察机关的警力不足等原因造成对此情况有时反应无力，造成个别案件监督失效，在一定程度上损害了当事人的利益，影响了检察机关的社会形象。
（三）、诉讼效率低，影响监督质量。根据刑事诉讼法的规定，机关应当立案侦查的案件而不立案侦查的，这才属于人民立案监督的对象。人民审查后认为符合立案条件，发出《说明不立案理由通知书》，机关应当在7日内答复；人民认为机关的不立案理由不能成立，发出《通知立案书》，机关在15日内决定立案，并将立案决定书送达人民。至此，一件需要追究犯罪嫌疑人刑事责任的案件，从人民启动立案监督程序开始，经历二十余天，机关才刚刚开始侦查，这还不包括案件发生后机关不立案而当事人四处申诉所花费的时间。不难看出整个过程诉讼周期过长，浪费司法资源，有时候还会造成关键证据毁损、灭失，不利于案情的审查认定，不利于打击犯罪，直接影响了监督的质量。
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