计税方法不同
一般纳税人原则上采用一般计税方法（提供公共交通运输服务等特定应税行为的一般纳税人也可选择简易计税方法）。
小规模纳税人采用简易计税方法。
税率与征收率不同
一般纳税人适用税率（简易计税的除外），目前税率包括16%、10%、6%，0。
小规模纳税人适用征收率，目前征收率包括5%、3%。
纳税申报期不同
一般纳税人缴纳，原则上实行以月为纳税期申报纳税。
小规模纳税人缴纳，原则上实行以季度为纳税期申报纳税。
使用不同
一般纳税人可以开具和取得专用。除部分特定行业的小规模纳税人可以选择自行开具专用外，大部分小规模纳税人不能自开专用，如果需要开具专用可以到税务机关申请代开。
抵扣进项税额的区别
一般纳税人：
购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产支付或者负担的额可以作为当期进项税额按规定进行抵扣；
应纳税额=当期销项税额－当期进项税额。
小规模纳税人：
购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产，即使取得了专用也不能抵扣；
应纳税额=销售额×征收率。
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