浅焙的美式咖啡护肝效果较佳
研究发现，喝咖啡与天门冬氨酸转氨酶(aspartate aminotransferases;AST ; GOT )、γ-谷氨酸转移酶(gamma-glutamyl transferase;GGT)和丙氨酸转氨酶(alanine aminotransferase;ALT;GPT)的下降相关，虽然咖啡对肝臟的保护作用机转尚不清楚，但已确知其中咖啡因会拮抗腺苷酸受体A2，反而是有害的，所以讨论其对肝臟的保护作用时，要考量咖啡因以外的其他因素。
咖啡有助于保护肝细胞
因为有研究发现，无论是病毒、酒精、药物或其他因素，习惯性地饮用咖啡，可以保护肝细胞的损害，减少肝功能异常、肝硬化或肝癌的风险，在细胞学的研究，发现咖啡酸可抑制C型肝炎病毒的增殖，但有些研究也发现，喝咖啡对于A、B或C型肝炎等病毒性肝炎无效。
咖啡因抑制肝癌肝硬化
此外，关于老鼠的动物研究，咖啡因被证实是可以抑制肝癌。除了咖啡因外，咖啡内的多种化合物，包括二萜及多酚，或许也都有些作用，但仍有待进一步的研究。
日本曾针对9万名的东京都市人口进行研究，发现B、C型肝炎患者喝咖啡和降低肝硬化和肝炎风险有着剂量关係，每天喝1杯咖啡，可降低肝硬化、肝炎的机率至78%，喝2杯咖啡，风险降低至一半，若一天喝4杯咖啡，风险可降到25%。
绿原酸才是保护肝的帮手
瑞典的相关研究推测，原因可能是咖啡生豆裡的绿原酸，但绿原酸会随着烘焙的温度而减少，因此若想保肝，喝重烘焙和无咖啡因的咖啡可能无效。咖啡的绿原酸含量多寡，与冲泡的方式有关，较浅焙的美式咖啡绿原酸含量最多，其次是义式咖啡、虹吸咖啡，最后是冰滴法的冰滴咖啡
喝咖啡有助于降低胆结石
咖啡在胆结石的流行病学研究尚未定论，Zhang等人做一个系统回顾， 分析了1个病例对照研究和5个前瞻性世代研究，共有227，749名参与者和11，477个胆结石病例。其中，前瞻性研究发现咖啡可显着降低女性罹患胆结石的风险，但在男性则无此效果，但该病例对照研究并未发现咖啡和胆结石间有任何关係。
然而，在剂量反应(dose-response)分析上，发现与喝最少咖啡者相比，每天喝2、4和6杯咖啡者，胆石病的相对风险分别为0.(95%CI 0.79-0.99)、0.81(95%CI 0.72-0.92)和0.75(95%CI 0.-0.88)，表示喝咖啡可降低胆结石的风险。(其中，相对风险数值小于1.0， 表示风险较低，95%信赖区间未跨越1.0，表达统计学上显着差异，其机率[p]值会< 0.05。)
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