代扣代缴手续费的意思是指代扣代缴税款的手续费。对于企业取得代扣代缴个人所得税手续费返还，可以用于提升办税能力、奖励办税人员；还可以用于代扣代缴工作的管理支出。公司代扣代缴的税款如个人所得税、代非居民企业缴纳的及附加税费、企业所得税等是可以向税务机关索取手续费的。
法律、行规规定的代扣代缴税款，税务机关按不超过代扣税款的2%支付手续费，且支付给单个扣缴义务人年度最高限额70万元，超过限额部分不予支付。对于法律、行规明确规定手续费比例的，按规定比例执行。
作为代扣、代收扣缴义务人和代征人，应当在每年3月30日前，向税务机关提交上一年度“三代”税款手续费申请相关资料。如果是由于“三代”单位或个人自身原因，没有及时提交申请的，则视为自动放弃上一年度“三代”税款手续费。
代扣代缴个人手续费返还会计分录：1、收到手续费时：借：银行存款；贷：其他应付款—个税手续费。2、奖励个人时：借：其他应付款—个税手续费；贷：库存现金。
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