法律分析：公司犯罪行为的处罚标准取决于犯罪行为的性质和情节。然而，如果公司能够主动配合机关的调查，这通常会被视为公司对犯罪行为的认罪态度和对社会的道德责任感，可能会对公司的处罚做出减轻。
法律依据：
1.《刑法》第七十七条规定：“对于犯罪事实、性质、情节等实施主动坦白的，可以减轻处罚”；
2.《公司法》第一百七十二条规定：“公司因犯罪行为被追究刑事责任的，应当受到法律的惩罚。公司犯罪行为造成的损害，应当由公司承担民事赔偿责任”；
3.《刑事诉讼法》第七十一条规定：“犯罪嫌疑人、被告人、律师、辩护人、诉讼代理人有义务协助机关、检察机关、进行侦查、起诉和审判工作”。
因此，如果公司主动配合机关的调查，能够向机关提供有价值的线索或证据，有可能减轻公司的处罚。但需要注意的是，这并不意味着公司可以逃避法律责任。若公司犯罪行为已经造成了严重后果，即使公司主动配合调查，也可能无法避免相应的法律惩罚。
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