深圳新生儿医保报销流程如下：
1、参保人需要办理现金报销时，将需提供的资料准备齐全，到参保地的市社会保险基金管理各分局少儿医疗保险科办理；
2、市社会保险基金管理局少儿医疗保险处或少儿医疗科工作人员对参保人所提供的现金报销资料进行初审，将有关信息录入电脑，资料齐全且符合现金报销条件的，打印受理单及收件回执；资料不齐全的，打印补齐资料通知书，待资料齐全时补正受理；不符合现金报销条件的，开出不予受理通知书；
3、参保人的监护人或代办人在上述通知书上签名，如报销的现金不转入缴费帐号，则需另外提供监护人的银行存折原件或复印件限四大国有银行，工作人员录入存折帐号，打印存折帐号单，参保人签名确认；
4、工作人员对现金报销资料进行审核，报领导审批后交计划财务处支付。
北京新生儿医保办理材料：
1、户口本（原件、首页复印件2份）；
2、宝宝户口页（原件、复印件2份）；
3、如出生三个月内的新生儿，应当同时提供《出生医学证明》原件、复印件；
4、邮政储蓄银行（个人账户结算存折）或借记卡，或者北京银行借记卡（以小孩名义开户）；
5、2张一寸白底免冠正面彩色照片；
6、填写《北京市城镇居民基本医疗保险参保缴费申报表》一式两份。
根据规定，新生儿参保当年可以直接享受门诊报销待遇，否则要连续两年缴费才能报销门诊费用。虽然第二年参保没有超过90天，但是作为新生儿参保的是从出生日开始计算的，否则按照统一参保期间参保，只能是每年的9-11月。
综上所述，最好出生80天内就去办理，留出时间富裕，万一资料不合格，有时间调整资料，因为需要户口复印件，所以需要给宝宝上完户口后才能办理。
【法律依据】：
《少年儿童住院及大病门诊医疗保险试行办法》第三十二条
参保人住院及大病门诊时所发生的符合基本医疗保险规定的医疗费用，有下列情形之一，先行支付现金的，可以凭有关单据和资料到市社保机构办理报销手续：
1、第十三条规定的大病门诊医疗费用；
2、就诊的定点医疗机构发生电脑故障或因少儿医疗保险证损坏不能记账的；
3、因急、危重病症在本市非定点医疗机构住院救治的；
4、经本市少儿医疗保险定点医疗机构或市社保机构同意转往市外医疗机构住院诊治的；
5、因在市外探亲、度假期间患急病在市外医疗机构住院的；
6、本市户籍少年儿童在市外定居时在当地住院或大病门诊，且事先向市社保机构办理了异地登记手续的。
