1、协商解决
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。公民之间发生的宅基地纠纷，应当先通过协商的方式加以解决。
2、行政解决
个人之间，个人与单位之间争议，由乡级或者县级以上处理。侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方土地管理部门责令停止侵犯、赔偿损失。
3、司法解决
当事人对有关的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起三十日内，向人民起诉。这表明公民之间就土地的使用权和所有权发生的纠纷，只与按照规定，先经过有关行政机关的处理，对于处理决定不服，才可以向人民提起诉讼。否则，人民不予受理。但对于侵犯土地的所有权或者使用权的，被侵权人可以不经行政机关的处理，而直接向人民起诉。
宅基地是农村集体经济组织为保障农户生活需要而拨给农户建造房屋及小庭院使用的土地。土地的所有权属于国家和集体所有，任何单位和个人不得侵占、买卖或其他形式非法转让土地。但土地的使用权可以依法转让。因此，农民对宅基地没有所有权，只有使用权。宅基地纠纷只是公民因农村宅基地使用权而发生的纠纷。
宅基地纠纷的种类多种多样。以纠纷的双方当事人不同，可分为双方当事人都为公民的宅基地纠纷和当事人一方或双方为国家或集体的宅基地纠纷;以宅基地纠纷的内容不同，可分为使用权界限不明确的纠纷、侵占公共宅基地或他人宅基地的纠纷、妨碍他人使用权的纠纷、毁损他人土地、房屋的纠纷等。
宅基地纠纷还可以通过人民调解来解决。人们调解是指在调解委员会(包括城市的居民委员会和农村的村民委员会)的主持下，以国家的法律、法规规章、和社会公德为依据，对民间纠纷当事人进行说服教育、规劝疏导，促进纠纷当事人互相谅解，平等协商，从而自愿达成协议，消除纷争的一种群众自治活动。人民调解是现行调解制度的一个重要组成部分，是我国法制建设的一项独特制度。
在处理农村宅基地纠纷的时候，可以采取协商、行政复议以及行政诉讼等方式处理，在确定农村宅基地的补偿数额时，一般采取的房地一体主义，即不仅仅要补偿被拆迁的房屋，还需要补偿被拆迁的房屋所在地的宅基地，也就是房屋和宅基地分开补偿。
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