合伙协议能申请仲裁。
合伙人履行合伙协议发生争议的，合伙人可以通过协商或者调解解决。不愿通过协商、调解解决或者协商、调解不成的，可以按照合伙协议约定的仲裁条款或者事后达成的书面仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁。合伙协议中未订立仲裁条款，事后又没有达成书面仲裁协议的，可以向人民起诉。
仲裁的流程：
1、申请和受理。申请指一方当事人根据合同仲裁条款或事后达成的仲裁协议，依法向仲裁委员会请求对所发生的纠纷进行仲裁的行为。受理。指仲裁委员会审查仲裁申请后，认为符合受理条件的，应当受理并通知当事人；认为不符合受理条件的，书面通知当事人不予受理，并说明理由；
2、送达和答辩。案件受理后，要给被申请人送达应诉材料，通知其应诉。自收到应诉通知之日起，被申请人有十五天答辩期，在此期间被申请人可以提交答辩书，也可以针对申请人的仲裁申请提出反请求。有些当事人有这样的疑惑，被申请人找不到怎么办？我们按照民事诉讼法关于送达的相关规定，在穷尽一切送达手段后，我们可以采取公告送达的方式，公告期届满被申请人仍然不前来应诉的，我们将缺席审理并裁决；
3、仲裁庭的组成。我国仲裁法赋予仲裁庭的组成形式有两种，独任仲裁庭和合议庭。即由一名仲裁员组成的仲裁庭，叫独任仲裁庭；合议庭是由三名仲裁员组成的仲裁庭。其组成特点是组织方式由当事人约定。仲裁员由当事人指定或委托仲裁委员会主任指定；
4、开庭和裁决。开庭是指仲裁庭在双方当事人的法定代表人或委托代理人、律师等参加下，对仲裁请求进行实体审理和裁决的活动。裁决是仲裁庭依法满足或者驳回申请人仲裁请求及被申请人的反请求，解决纠纷的事项，作出决定即仲裁裁决。其特点是一裁终局双方当事人必须自觉执行，否则可以向人民申请执行，人民应当执行。
综上所述，不愿通过协商、调解解决或者协商、调解不成的，可以按照合伙协议约定的仲裁条款或者事后达成的书面仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动争议仲裁调解法》第四条
发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。
第五条
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民提起诉讼。
