新农合备案流程如下：
1、在住院前或住院后3日内打老家新农合咨询电话对住院就医情况进行登记备案；
2、出院后必须在居住所在地由事处或居委会出具一份居住证明，如果是在外务工，需有务工单位出具务工证明；
3、出院后持病历复印件、汇总明细单、住院收费票据、出院证明，再拿着患者身份证、合作医疗证及居住或务工证明回参合所在地报销；
4、如果是从参合所在地直接到省外住院化疗，必须在走之前办理转诊转院手续，然后才可去外地住院治疗，使用方法：
（1）到本乡镇卫生院、村卫生所门诊就诊时：卫生院、村卫生所有月底填写好定点医疗机构门诊补偿汇总表和结算单后，将报销联处方按补偿登记表编号顺序装订成册到乡镇农医所申请报销所垫资金；
2、到本乡镇以外的区内定点医疗机构门诊就诊时：由患者将报销联处方及医药到本乡镇农医所申请报销；
3、到乡镇卫生院住院就诊时：患者出院后，卫生院提供医药，出院小结（盖医院章），各种检查单，处方复写件等由患者到本乡镇农医申请报销；
4、到区级定点医院住院就诊时：患者出院后，医院为患者提供医药，出院小结，各种检查单复写件，处方复写件等，由患者到合作医疗直报窗口直接申请报销。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
第五条
县级以上将社会保险事业纳入国民经济和社会发展规划。
国家多渠道筹集社会保险资金。县级以上对社会保险事业给予必要的经费支持。
