刑事拘留三天是会有案底的。案底一般是指某人过去犯法或犯罪行为的记录，即犯罪人员犯罪记录制度，但是在我国一般是指有过刑事犯罪前科的档案记录，该犯罪档案一般存放至门保存。
但是，也有例外情况，具体如下：根据《刑事诉讼法》规定，犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。
犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。
《刑事诉讼法》第八十五条
机关拘留人的时候，必须出示拘留证。拘留后，应当立即将被拘留人送看守所羁押，至迟不得超过二十四小时。除无法通知或者涉嫌危害犯罪、恐怖活动犯罪通知可能有碍侦查的情形以外，应当在拘留后二十四小时以内，通知被拘留人的家属。有碍侦查的情形消失以后，应当立即通知被拘留人的家属。
一、刑事拘留后未及时羁押看守所怎么处理
刑事拘留后未及时羁押看守所可以通过投诉举报要求机关立即送往看守所羁押。机关应当立即将被拘留人送看守所羁押，至迟不得超过二十四小时。刑事诉讼中的拘留是机关、人民对直接受理的案件，在侦查过程中，遇到法定的紧急情况时，对于现行犯或者重大嫌疑分子所采取的临时剥夺其人身自由的强制方法。刑事拘留必须同时具备两个条件：
其一，拘留的对象是现行犯或者是重大嫌疑分子。
其二，具有法定的紧急情形之一。
根据《刑事诉讼法》的规定，机关进行刑事拘留的时候，必须出示拘留证。拘留后，应当立即将被拘留人送看守所羁押，至迟不得超过二十四小时。除无法通知或者涉嫌危害犯罪、恐怖活动犯罪通知可能有碍侦查的情形以外，应当在拘留后二十四小时以内，通知被拘留人的家属。有碍侦查的情形消失以后，应当立即通知被拘留人的家属。
二、取保候审有案底的有吗
取保候审是有可能留下案底的。
案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录，在我国中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，该犯罪档案一般存放至门保存。
根据《刑事诉讼法》第二百八十六条规定，犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。
因此，除以上所说的犯罪时未满18周岁被判处五年有期徒刑以下刑罚的，取保候是会留下案底的。
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