(一)依法鉴定原则。在实体上，应据相关法规和技术规范进行鉴定;在程序上，应遵守鉴定人员的资格、抽取、回避等规范。违反依法鉴定的，卫生行政部门应要求重新规定。
(二)科学鉴定原则。应据医学科学原理和专业知识进行鉴定;在事实清楚、证据确凿基础上，综合分析患者的病情和个体差异，作出鉴定结论。做到事实清楚、定性准确、责任明确。
(三)鉴定原则。应以事实为根据，以法律为准绳，不受其他因素干扰地进行鉴定;鉴定人自己不得接受双方当事人的财产或其他利益;任何单位和个人不得干扰医疗事故鉴定工作，不得威胁、利诱、辱骂、殴打专家鉴定组成员。
(四)合议制原则。鉴定组人员应为单数，鉴定结论应当半数通过。但鉴定过程应如实记载。
(五)两鉴终鉴原则。医疗事故鉴定分为首次鉴定和再次鉴定。再次鉴定在行政处理上是终极鉴定，当事人不得又申请卫生行政部门要求鉴定。但我们认为当事人可申请重新鉴定，或依法提起相关诉讼。
在进行医疗事故鉴定的时候应该要遵守依法鉴定原则;科学鉴定原则以及合作制鉴定原则的。在医疗事故责任鉴定完成之后过错方应该要根据责任认定书进行赔偿。
一、当事人对首次医疗事故技术鉴定结论不服如何处理
任何一方当事人对首次医疗事故技术鉴定结论不服的，可以自收到首次医疗事故技术鉴定书之日起15日内，向原受理医疗事故争议处理申请的卫生行政部门提出再次鉴定的申请，或由双方当事人共同委托省、自治区、直辖市医学会组织再次鉴定。
医疗事故技术鉴定结果可以直接作为证据在诉讼中使用，因此法律对于医疗事故的技术鉴定做了具体的规范。
任何一方当事人对首次医疗事故技术鉴定结论不服的，可以自收到首次医疗事故技术鉴定书之日起15日内，向原受理医疗事故争议处理申请的卫生行政部门提出再次鉴定的申请，或由双方当事人共同委托省、自治区、直辖市医学会组织再次鉴定。
县级以上地方卫生行政部门对发生医疗事故的医疗机构和医务人员进行行政处理时，应当以最后的医疗事故技术鉴定结论作为处理依据。卫生行政部门应当自收到医疗事故争议处理申请之日起10日内进行审查，作出是否受理的决定。
对符合规定，予以受理，需要进行医疗事故技术鉴定的，应当自作出受理决定之日起5日内将有关材料交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定并书面通知申请人；对不符合规定，不予受理的，应当书面通知申请人并说明理由。当事人对首次医疗事故技术鉴定结论有异议，申请再次鉴定的，卫生行政部门应当自收到申请之日起7日内交由省、自治区、直辖市地方医学会组织再次鉴定。”的规定，当事人对于医疗事故鉴定有异议的，可以申请再次鉴定。
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