病历结论是用来证明当事人的病情的，和是不是工伤没有任何的联系，工伤认定书是用来认定当前的病情是否可以按照工伤来处理，所以工伤认定书和病历结论不一致这很正常，并且法律上是承认工伤认定书。
工伤认定是劳动行政部门依据法律的授权对职工因事故伤害(或者患职业病)是否属于工伤或者视同工伤给予定性的行政确认行为。
劳动者在工作或视同工作过程中因操作不当或其它原因造成了对人身的侵害，为了鉴定该侵害的主体而对过程进行的定性的行为。根据我国的相关规定，一般由劳动行政部门来确认。
一、工伤认定需要准备：
1、按要求填写的《工伤认定申请表》；
2、受伤害(死亡)职工的居民身份证(复印件)；
3、医疗机构出具的职工受伤害时初诊诊断证明书，或者依法承担职业病诊断的医疗机构出具的职业病诊断证明书(或者职业病诊断鉴定书)及相关病历复印件；
4、医疗机构出具的受伤后诊断证明书及病历，或职业病诊断证明书，或职业病诊断鉴定书；
5、企业申请认定工伤的，应提交《工伤事故报告书》原件并加盖公章；
6、单位工商营业执照复印件或工商登记证明(可到工商局或市场安全监管局查询)；
7、关于工伤的证人证言(证明人必须写清楚自己的姓名、年龄、性别、职业、住址并签名按指纹，复印身份证)；
8、非申请人办理的，提交授权委托书及委托代理人的身份证明材料；
9、属于下列情况的应提供相关的证明材料：
(1)职工死亡的，提交死亡证明；
(2)在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的，提交门的证明、或人民的判决书或者其他相关证明；
(3)因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的，提交门的证明或者人民宣告死亡的裁定。
(4)上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，提交机关交通管理部门或者其他相关部门的证明；
(5)在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的，提交医疗机构的抢救证明和死亡证明；
(6)在抢险救灾等维护国家利益、公共利益活动中受到伤害的，提交民政部门或者其他相关部门的证明；
(7)属于因战、因公负伤致残的转业、复员军人，旧伤复发的，提交《伤残军人证》及劳动能力鉴定机构对旧伤复发的确认。
(8)有购买社保工伤保险的，提交《工伤保险登记表》复印件；
(9)属于交通事故的，提交交警部门《道路交通事故责任认定书》及复印件或有效证明材料；
况且说工伤认定书和病历结论之间本来也就不冲突的，我们申请工伤认定的时候根本就不需要提交所谓的病历结论的，病历结论是对当前疾病的一种诊断的证明，比如说病历上显示的是脊椎损伤，而工伤认定的工作是要证明脊髓损伤，到底是工作的原因还是职工人为造成的。
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