公司与怀孕女职工发生劳动纠纷，可以选择劳动仲裁的方式解决纠纷，不存在怕不怕的问题。
劳动仲裁是指由劳动争议仲裁委员会对当事人申请仲裁的劳动争议居中公断与裁决。在我国，劳动仲裁是劳动争议当事人向人民提起诉讼的必经程序。
发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。对于当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民提起诉讼。
一、劳动仲裁按照以下程序办理：
1、立案，当事人申请仲裁，应当向仲裁委员会递交仲裁协议、仲裁申请书及副本；
2、庭审，符合受理条件的，仲裁委会在规定时间内开庭审理，双方当事人应出庭参加庭审；
3、仲裁委依法作出裁决。
二、个人如何申请劳动仲裁如下：
1、递交劳动仲裁申请书及相关证据；
2、申请书符合要求的，仲裁委员会自收到申请书之日起5日内做出受理或者不予受理的决定；
3、被申请人收到仲裁申请书副本后，应当在十日内向劳动争议仲裁委员会提交答辩书；
4、劳动争议仲裁公开进行。
法律依据：
《劳动争议调解仲裁法》
第四条 发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。
第五条 发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民提起诉讼。
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