法律分析：虽然员工是与母公司签订劳动合同，但实际在子公司工作，工资由子公司发放，那么可以认定为员工是与子公司有劳动关系，解除劳动合同应由子公司解除。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法实施条例》 第四条 劳动合同法规定的用人单位设立的分支机构，依法取得营业执照或者登记证书的，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同未依法取得营业执照或者登记证书的，受用人单位委托可以与劳动者订立劳动合同。
