一、关于税收优惠适用的主体适格问题
企业在实施并购重组并申请特殊性税务处理的过程中遇到的一个困扰就是一方交易主体是自然人该如何适用税收优惠。企业分立中，被分立企业的原投资主体既包括自然人也包括企业，在分立过程中自然人也是一方交易主体，但是财税［2009］59号并没有明确该类交易主体形态能否适用特殊性税务处理。
2010年国家税务总局颁行的《企业重组业务企业所得税管理办法》第三条及第四条的规定似乎也为自然人参与的并购重组适用特殊性税务处理设置了障碍。
48号公告第一条规定，股权收购中的转让方、企业合并中被合并企业的股东以及企业分立中被分立企业的股东可以是自然人，修改了《企业重组业务企业所得税管理办法》的第三条的规定。
由于《企业重组业务企业所得税管理办法》第四条的规定没有被废止，交易各方仍需要满足同时执行一般性税务处理或者同时执行特殊性税务处理的条件。
因此，在股权收购、企业合并和分立交易中，尽管其他交易主体符合特殊性税务处理的条件，但由于存在自然人一方交易主体，其他法人主体是否可以申请享受特殊性税务处理的优惠待遇仍然不够明确。企业在实施重组交易时，应当妥善进行税务筹划安排，适当拆分交易，同时与税务机关保持充分的沟通和交流，争取适用税收优惠，并防范税法合规性的风险。
二、关于一项交易符合多种税收优惠的优选问题
一项重组交易往往可以理解为不同种类的交易类型。例如，集团企业在其内部子公司之间实施资产重组的，可以有非货币性资产投资、资产划转、以股权支付为对价的资产转让等三种不同的交易路径，每种交易方案都有对应的税收优惠。企业应当根据自身的经营和财务状况，结合不同税收优惠的适用范围和适用条件，分析和比较不同的交易方案，选取最有利于降低税负成本的方案进行并购重组。
三、确保符合适用税收优惠的程序
《关于取消非行政许可审批事项的决定》（国发［2015］27号）已经将企业适用特殊性税务处理优惠的审批事项取消。国家税务总局2015年第48号公告也不再执行59号文件的申报备案和4号公告的经税务机关确认的做法，而是直接改为年度所得税汇算清缴时进行申报并提交相关资料的方式。
尽管税务机关已经将优惠适用的申报方式充分简化，但是，拟实施重组交易的企业在适用特殊性税务处理等税收优惠时仍然要注重依照相关规定向税务机关履行申报和报告义务，避免因程序不合规而导致适用税收优惠存在瑕疵的风险，特别应当注重的程序性因素主要有申报主体的确定、申报的时间和期限、申报的具体内容等等。
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