申请个人所得税退税的办法：纳税人向税务机关提出申请，办理汇算清缴退税或者扣缴义务人向税务机关提出申请，为纳税人办理汇算清缴退税，之后经税务机关审核，按照国库管理的有关规定办理退税。
《中华人民共和国个人所得税法》第六条 应纳税所得额的计算： （一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。 《中华人民共和国个人所得税法》第十四条 扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。 纳税人办理汇算清缴退税或者扣缴义务人为纳税人办理汇算清缴退税的，税务机关审核后，按照国库管理的有关规定办理退税。
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