法律分析：公司犯罪调查程序的执行责任应由公司内部的监管机构负责。这是因为公司作为一个法人实体，拥有自己的法律义务和责任。这些责任包括保护员工和客户的权益，防止公司内部犯罪行为的发生。因此，公司内部的监管机构应该对公司内部的犯罪行为进行调查和处理。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑法》第七十九条规定：“企业、事业单位、机关、社会团体或者其他组织的工作人员在履行职务过程中，贪污、受贿、挪用、违法发放奖金、股息、红利、购买赠送物品或者接受服务等，情节严重的，对该组织构成犯罪的，依照本法第三百八十二条的规定处罚。”
2.《企业内部管理条例》第二十五条规定：“企业应当建立健全内部监控机制和监督检查制度，配备专门的内部监控人员或者委派专门机构负责内部监控，加强对业务活动、财务管理、信息管理等方面的监督检查。”
3.《中华人民共和国公司法》第四十四条规定：“公司应当建立健全内部监控机制和监督管理制度，加强对公司董事、高级管理人员的管理和监督。”
综上所述，公司犯罪调查程序的执行应由公司内部的监管机构负责。这有助于保护公司内部的稳定和员工、客户的权益。
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