食品药品监督管理局的主管部门部门（机构）是同级。
国家食品药品监督管理总局是直属的正部级行政管理机构，由直接管理；省、市、县食品药品监督管理局分别是同级直属的正厅级、正处级和正科级行政管理机构，分别由省、市、县直接管理，同时接受上级食品药品监督管理机构指导、监督。
我国各级食品药品监督管理局是负责所属各行政区域内食品（含食品添加剂）、药品（含中药、民族药）、医疗器械、保健食品、化妆品（以下统称为食品药品）监督管理的直属机构， 加挂同级食品药品安全委员会办公室牌子。
注：我国以前食品药品监督管理局的管理是属地和上级食品药品监管局双重管理。2008年11月10日，下发《关于调整省级以下食品药品监督管理有关问题的通知》，撤销食品药品监督管理机构省级以下的垂直管理，改为由地方分级管理。 由此加强了地方对于食品药品监督管理的各部门协调，强调了地方对于食品药品监督管理的责任。
法律依据：
《食品经营许可管理办法》
第六条 国家食品药品监督管理总局负责监督指导全国食品经营许可管理工作。县级以上地方食品药品监督管理部门负责本行政区域内的食品经营许可管理工作。省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门可以根据食品类别和食品安全风险状况，确定市、县级食品药品监督管理部门的食品经营许可管理权限。
第七条 国家食品药品监督管理总局负责制定食品经营许可审查通则。县级以上地方食品药品监督管理部门实施食品经营许可审查，应当遵守食品经营许可审查通则。
第四十条 县级以上地方食品药品监督管理部门应当建立食品许可管理信息平台，便于公民、法人和其他社会组织查询。
县级以上地方食品药品监督管理部门应当将食品经营许可颁发、许可事项检查、日常监督检查、许可违法行为查处等情况记入食品经营者食品安全信用档案，并依法向社会公布；对有不良信用记录的食品经营者应当增加监督检查频次。
