1,针对对象不同。食品小经营店备案证是各地针对“三小”即食品小作坊、小经营店和小摊点；食品经营许可证针对所有食品行业领域生产经营活动。
2,适用法律法规不同。食品小经营店备案证只适用各地方制定法规，食品经营许可证适用《餐饮服务许可管理形式》，为国家法律法规。
3,扮演身份不同。小作坊、小经营店和小摊点基本上无固定法定地点，多数为无工商营业执照，食品小经营店备案证扮演“临时身份证”角色；食品经营许可证只是行业经营许可凭证。
一、新食品法处罚有什么规定
2021年的新食品处罚法对食品进行了严格的管制，针对不合格是食品也做了很大力度的处罚。如果查出企业生产食品没有经营许可证的，根据食品材料价值多少，对企业处罚，小余一万元的，处罚五万到十五万不等的罚金，食品材料价值大于一万元的，处罚该食品材料十倍到二十倍的罚金，处罚法严格规定，生产的食品要按照生产标准生产，企业不能有侥幸的心理，若导致的后果严重，企业所参与的工作人员可能会拘留教育。
二、食用农产品是不是不会被投诉
卖食品需要营业执照、食品流通许可证和开店人身份证。
根据新食品安全法第六十二条的规定：
淘宝个人卖家需要向淘宝网络平台提供身份证明和食品经营许可证进行实名登记和审核资格。入网食品经营的标准会提高。
自产自销的食用农产品目前不需提供许可证。如果说是农产品及经营地方特色食品的商家，自产自销的农产品，水果、蔬菜、水产、海产品、没有包装的、无QS标志的商品，不需要许可证。
对海外直邮、代购暂时不做要求（以发布宝贝时选择的采购地、库存状态、发货地等条件为依据）。目前，通过直邮形式将食品配送给买家的海外代购商家，确实暂不要求提供许可证。但通过国内转运的形式将代购的食品配送给客户，发货地址在内地的代购商家，仍需提供食品流通许可证。
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