不一样。
1、食品小经营店备案证是各地针对“三小”（即食品小作坊、小经营店和小摊点)分布广、规模小、数量多，在方便百姓生活的同时也存在一定的安全隐患情况下，加强实施管理备案证。
小经营店经营者提出经营的，需要申领小经营店登记证，此前已取得的食品经营许可证（餐饮服务许可证、食品流通许可证）在有效期内的，不需要申领小经营店登记证（当事人申请变更的除外）。登记证、备案卡也就是“三小”的“身份证”。
2、食品经营许可证也可称餐饮服务许可证，是单位和个人从事食品生产经营活动，经卫生行政部门审查批准后，发给的餐饮服务许可证。
根据2010年07月28日卫生部印发的《餐饮服务许可管理办法》，“任何单位和个人从事食品生产经营活动，应当向卫生行政部门申报，并按照规定办理餐饮服务许可证申请手续；经卫生行政部门审查批准后方可从事食品生产经营活动，并承担食品生产经营的食品卫生责任。”
“地方卫生行政部门遵守本办法，对食品生产经营者发放餐饮服务许可证。”
“食品添加剂、保健食品和新资源食品生产企业生产活动的卫生许可，由省级卫生行政部门发放卫生许可证。”
卫生许可证 是单位和个人从事食品生产及餐饮店的经营活动，经卫生行政部门审查批准后，发给的卫生许可凭证，有注册备案的许可证号。 餐饮服务许可证 即中国餐饮行业的经营许可证，是根据2009年6月1日开始施行的食品安全法，中国6月1日起正式启用的餐饮服务许可证，取代已沿用了几十年的食品卫生许可证。 食品流通许可证 是对食品流通许可证的发放、发放条件、发放程序以及与食品卫生许可证的衔接等问题予以明确。对食品经营者必须坚持先证后照，未取得前置审批文件，不得办理注册登记手续。
法律依据：
《中华人民共和国食品安全法》 第三十六条 食品生产加工小作坊和食品摊贩等从事食品生产经营活动，应当符合本法规定的与其生产经营规模、条件相适应的食品安全要求，保证所生产经营的食品卫生、无毒、无害，食品药品监督管理部门应当对其加强监督管理。 县级以上地方应当对食品生产加工小作坊、食品摊贩等进行综合治理，加强服务和统一规划，改善其生产经营环境，鼓励和支持其改进生产经营条件，进入集中交易市场、店铺等固定场所经营，或者在指定的临时经营区域、时段经营。
