首先，应注意核实是否有员工违纪的相关证据，如否，需先进行相关证据的搜集，并且及时将证据保留存档，为将来产生损害赔偿或解除劳动合同关系等提供证据支持；
其次，查看相关规章制度或管理规定，以确定是否具备可对该员工该等行为进行处罚的相关依据（前提是该等规章制度必须依法履行了民主程序并向劳动者进行了告知）；
如没有相关规章制度依据，需进一步核实是否具备相关法律法规依据。
综上，当员工出现违纪行为时，企业首先要做的，应该是确定是否有法可依，即是否具备对该违纪员工进行处罚的相关法律依据或规章制度依据，这是前提。
《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％．若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
一、员工违纪的处理时限
《劳动争议调解仲裁法》第27条规定：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。同理，用人单位处理违纪职工的时效也可以确定为1年，处理时效从用人单位证实或者应当证实职工犯错误之日起算。
劳动者发生违纪，一般都会侵犯用人单位的合法权益，比如劳动者旷工侵犯了用人单位的劳动义务获取权；劳动者失职侵犯了用人单位的管理权；劳动者兼职且拒不改正则侵犯了用人单位对劳动者完整工作精力的获得权；哪怕是劳动者被追究刑事责任，也将影响到用人单位的社会形象。因此，用人单位对违纪职工实施处理，其目的就是维护自身的合法权利。
二、处理违纪员工应注意的事项
1、企业对于违纪员工的处理要树立一个谨慎、客观、公正的观念，不能出现随意性、主观性以及不公正性。很多企业没有树立谨慎、客观、公正的观念，员工的行为稍有瑕疵就轻率地按照违纪处理，随着员工法律意识的增强，这种情况往往会给企业带来不必要的麻烦以及造成一定的损失。
2、企业对于违纪员工要进行等级或者级别划分，按照违纪行为情节的严重与否以及造成后果的严重与否进行划分，员工一旦出现违纪情况就需要对号入座，进行应有的惩处，而不是一有违纪行为直接选择解除劳动合同这种轻率的做法。一旦随意解除劳动合同，员工诉讼维权，企业败诉还要承担继续履行劳动合同的义务，是吃力不讨好的做法。
3、企业在处理违纪员工的时候需要树立证据意识，打官司是需要打证据的，处理违纪员工也是需要十分注重证据的，没有客观的、真实的、具有相关性的证据能够证明员工违纪的话切勿轻率进行违纪处理，更不能选择直接解除劳动合同。
4、企业处理违纪员工问题能用简易程序的尽量用简易程序，这样既节省了处理违纪员工问题的时间和精力，又可以很快投入相应的生产运营当中去，如果拉的战线太长，不论是对于企业还是对于违纪员工本身都是十分不利的。
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