（一）承包商提出付款申请
工程费用支付的一般程序是首先由承包商提出付款申请，填报一系列工程师指定格式的月报表，说明承包商认为这个月他应得的有关款项，包括：①已实施的永久工程的价值；②工程量表中任何其他项目，包括承包商的设备、临时工程、计日工及类似项目；③主要材料及承包商在工地交付的准备为永久工程配套而尚未安装的设备价格的一定百分比；④价格调整；⑤按合同规定承包商有权得到的任何其他金额。承包商的付款申请将作为付款证书的附件，但它不是付款的依据，工程师有权对承包商的付款申请做出任何方面的修改。
（二）工程师审核，编制期中付款证书
工程师对承包商提交的付款申请进行全面审核，修正或删除不合理的部分；计算付款净金额。计算付款净金额时，应扣除该月应扣除的保留金、动员预付款、材料设备预付款、违约罚金等。若净金额小于合同规定的临时支付的最小限额，则工程师不需开具任何付款证书。
（三）业主支付
业主收到工程师签发的付款证书后，按合同规定的时间支付给承包商。实践证明，通过对施工过程的各个工序设置一系列签认程序，未经工程师签认的财务报表无效，这样做，充分发挥了经济杠杆的作用，控制了项目实施过程中的费用支出。
一、工程结算审计收费标准
工程造价审计收费通常采用基本收费＋追加收费两部分组成，基本收费一般定为建设单位送审总造价的0．1－－0．3％左右，追加收费一般定为中价机构审减金额的4－－9％左右。
审计服务费用由建设单位支付，在工程投资中单独列支（国家财务部有相关规定）。
基本建设财务管理规定中第十九条明确规定，建设工程待摊投资包括社会中介机构审计费用；在财政部的其他相关规定也有这方面规定。实际操作中，基本服务费率主要根据工程投资总额确定（这部分金额主要满足中介机构的交通、食宿、单位收益等基本费用）。
追加服务费率的确定时：
（一）经过建设单位初审的工程相对定高一些；
（二）未经初审的相对低一些（有些中介甚至主动要求只要1％的追加费，不再计取基本费）。
二、怎么解决工程结算纠纷
（一）工程价款结算应该按照合同约定进行办理。合同未作约定或者约定不明的，应该依照相关规定与文件协商处理。
（二）当事人对合同造价有争议无法协商解决的，可以通过向人民提起诉讼或者申请仲裁。
（三）《建设工程价款结算暂行办法》第十一条工程价款结算应按合同约定办理，合同未作约定或约定不明的，发、承包双方应依照下列规定与文件协商处理：
（1）国家有关法律、法规和规章制度；
（2）建设行政主管部门、省、自治区、直辖市或有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法等有关规定；
（3）建设项目的合同、补充协议、变更签证和现场签证，以及经发、承包人认可的其他有效文件；
（4）其他可依据的材料。
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