工程结算纠纷诉讼时效是三年的时间。《民法典》第18规定：“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。”结算请求权的诉讼时效应自该权利被侵害时起算，具体表现为发包人怠于履行结算义务的违约行为成立之时，因此，确认结算请求权之诉讼时效期间的起算点，应考察双方当事人关于结算义务履行期限之具体约定。当事人约定自工程竣工验收合格之日起结算工程价款的，工程竣工验收之后，发包人怠于履行该结算义务时，承包人可向起诉请求履行，其诉讼请求的时效期间起算点为工程竣工验收合格之日。
当事人约定工程竣工验收合格后，由承包人向发包人提交结算文件，发包人在接到结算文件的合约定期限内予以审核并作出答复的，发包人应当在该期限内确确表示同意或不同意该结算结果，表示不同意的，应及时配合承包人重新结算。发包人未在约定期限内答复，则答复期限届满可认定其怠于履行结算义务，诉讼时效自答复期限届满之日起算;发包人在仅约定期限内答复不同意结算结果的，但怠于与承包人进行协商，重新进行结算的，视为其怠于履行配合结算义务，承包人请求结算的诉讼时效自答复期限届满之日起算。
一、建筑工程的计价方式一般分为几种
1、因设计导致工程价款结算的争议。根据《适用法律问题的解释》第16条规定，当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。
因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第3条规定处理。
2、因工程量导致工程价款结算的争议。根据《适用法律问题的解释》第19条规定，当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认；承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。
3、因结算文件发生的争议。根据《适用法律问题的解释》第20条规定，当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理；承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
4、订立数份建设工程合同发生的争议。根据《适用法律问题的解释》第21条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
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