1、施工单位追讨工程款是有时效的，追讨工程款的时效一般是三年，从施工单位知道工程款被拖欠开始计算。
2、法律规定：《中华人民共和国民法典》第一百八十
向人民请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民不予保护，有特殊情况的，人民可以根据权利人的申请决定延长。
一、追讨工程款需要准备哪些证据
追讨工程款需要准备以下证据：
(1)施工单位资质证书；
(2)工程招投标文件；
(3)工程报建、规划、国土、施工许可文件；
(4)建筑安装工程承包合同书及其补充协议；
(5)施工图纸；
(6)不可抗力证明文件及损失证明；
(7)工程进度情况、工程施工日志；
(8)工程量增减的签证；
(9)设计变更的文件；
(10)质量验收的证明；
(11)工程进度付款凭据；
(12)工程分包情况；
(13)工程总决算书或分阶段结算书等；
上述的证据都是在诉讼前就已经形成的，所以在施工过程中，要注意这些证据材料的搜集、管理。
用书面形式将工程施工的情况固定下来：
1、如发生了设计变更的事实，就必须将相关设计单位、规划部门的书面原件保存下来；
2、施工中与建设单位或监理单位的会议记录等，都应由各方参会人员签字并妥善保存；
3、如果出现工期延长的情况，应当立即与建设单位等书面确定延长的缘由和处理办法，防止非施工单位原因而被建设单位当作拒付、少付或追究违约责任的理由；
4、如出现连日的大雨或其它恶劣天气导致工程难以进行的，就必须让建设单位或监理单位做好签证的工作，对于被拒绝签证的，应当将原始资料和相关证明材料留档保存，便于日后索赔。
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