土地补偿费由农村集体经济组织或者村民委员会管理。
征用土地的程序是：
征用土地的一个很重要的特征就是要符合法定的程序，这是征用土地制度合理存在的前提，如果在缺乏法定程序的情况下进行土地征收是严令禁止的。征用土地主要有以下几个程序：
1、拟订征用土地方案：由拟征用土地所在地市、县或其土地行政主管部门拟订。
2、审查报批：报有批准权限的上级批准。
3、方案公告：由市、县对经批准的征地方案在被征用土地所在地的乡（镇）、村予以公告。
4、征地补偿登记：被征用土地的所有权人和使用权人应当在公告规定的期限内，持土地权属证书到当地土地行政主管部门办理征地 补偿登记。
5、制定征地补偿、安置方案：由市、县土地行政主管部门会同有关部门根据批准的征用土地的方案及土地所有者和使用者的登记情况（经核实）制定，即把征地方案中确定的各种补偿的总费用分配到各所有者和使用者，以及具体落实人员的安置方案。
6、公告征地补偿、安置方案并组织实施：征地补偿费用应当自征地补偿、安置方案批准之日起3个月内全部支付。
7、清理土地：征地补偿、安置方案实施后，由市、县土地行政主管部门组织有关单位对被征用的土地进行清理。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第十一条
农民集体所有的土地，由县级登记造册，核发证书，确认所有权。 农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。 单位和个人依法使用的国有土地，由县级以上登记造册，核发证书，确认使用权；其中，国家机关使用的国有土地的具体登记发证机关，由确定。 确认林地、草原的所有权或者使用权，确认水面、滩涂的养殖使用权。
