在合理合法的情况下是合法的。
1982年颁布施行的《企业职工奖惩条例》第十一条、第十二条规定了企业的罚款权，这是我国劳动法律关系中对企业职工罚款的直接法律渊源。然而，《企业职工奖惩条例》已经在2008年1月15日废止。也就是说，2008年1月15日以后，用人单位已经不能再根据该条例的规定在规章制度中设立罚款条款了。
可现实中很多用人单位仍然在规章制度中赋予自己对员工罚款的权利，且这种做法还被一些法律理论和实践所接受。理由有二：
首先，法律既要维护劳动者的合法权益，又要考虑保障企业和雇主进行正常、有效的劳动管理和企业管理，维护企业和雇主的合法权益。法律对维护职工合法权益和提高企业管理效益二者都要兼顾;
其次，劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。
相关法律条文参考：
我国《劳动法》第4条规定：“用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。”
最高人民《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第19条规定：“用人单位根据《劳动法》第4条之规定，通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行规及规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民审理劳动争议案件的依据。”
2008年1月1日起实施的《劳动合同法》第4条规定：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
因此，由上述可知，用人单位制定涉及职工切身利益的规章制度时，一是要经职工讨论，二是公示或者告知职工，三是不得违反法律法规的规定。
如果用人单位有关员工迟到扣工资的规定符合这三个条件的情况下制定是不违法的。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国劳动法》第十七条订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行规的规定。劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。
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