（一）无法取得房屋使用权：《中华人民共和国民法典》第一百五十七条规定，“民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还。”违法小产权房的建设、销售者不具备房屋建设、销售资格，没有在部门登记备案。现实中因小产权房一房两卖、房屋烂尾、买卖合同无效等情况，导致大量购房者无法取得房屋占有使用权，在合同无效情况下也无法获得法律支持。
（二）不能办理房产证：国土资源部、财政部、农业部联合下发的《关于加快推进农村集体土地确权登记发证工作的通知》(国土资发〔2011〕60号)第十条规定，对于借户籍管理制度改革或者擅自通过“村改居”等方式非经法定征收程序将农民集体所有土地转为国有土地、农村集体经济组织非法出让或出租集体土地用于非农业建设、城镇居民在农村购置宅基地、农民住宅或“小产权房”等违法用地，不得登记发证。
（三）不能上市交易：小产权房不是商品房，即使是合法的小产权房目前也没有完全放开流转，不能上市交易，无法办理抵押贷款，无法对抗国家的征地和拆迁，购房者很难得到补偿。即使将来可以上市交易，也会采取类似经济适用房上市交易的规则，向国家补缴土地出让金等费用，这样小产权房的价格优势就并不突出了。
（四）没有质量保证：目前，绝大多数的违法小产权房在建造时，无规划许可、无土地使用证、无建筑施工许可，也没有施工监理、竣工验收，是没有任何质量保证的违法建筑。很多小产权房在实际使用中出现墙体裂缝、房屋漏水、隔音效果差等质量问题，更无法达到防风、抗震、防水、消防的建筑规范和标准。一旦发生房屋质量纠纷，甚至变成危房或房屋倒塌，购房者想维权都找不到对象，只能自行承担损失。
（五）可能被强制拆除或没收：《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定，“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方城乡规划主管部门责令停止建设；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。”一旦违法小产权房被依法强制拆除或者没收，购房者将无法获得任何补偿，面临血本无归的巨大风险。
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