《中华人民共和国城市规划法》第40条的规定：“在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证或者违反建设工程规划许可证的规定进行建设，严重影响城市规划的，由县级以上地方城市规划行政主管部门责令停止建设、限期拆除或者没收违法建筑物、构筑物或者其他设施;影响城市规划，尚可采取改正措施的，由县级以上地方城市规划行政主管部门责令限期改正，并处罚款。”可以得到以下结论：
1、县级以上地方的城市规划部门，是处理违章建筑的行政主管部门，拥有对违章建筑进行行政认定的权力;
2、区分不同情况，对违章建筑的处理方式包括：停止建设、限期拆除、予以没收和补办手续、并处罚款;
3、在具体适用时，应当根据不同情况，分别采取不同的方式：如果该建设工程处在正在建设过程之中，则应当根据《城市规划法》第40条的规定，由城市规划部门责令其停止建设。如果该建设工程已经完工，且严重影响城市规划，则应当根据《城市规划法》第40条的规定，由城市规划部门作出：限期拆除，或者予以没收的处理。如果该建设工程已经完工，虽然“影响城市规划，尚可采取改正措施的，由县级以上地方城市规划行政主管部门”作出：补办手续，并处罚款的处理;
4、在上述法定的处理方式中，我们可以作以下理解：限期拆除，留给了违章建筑业主一定的处理能够转移物料的时间;补办手续，则是对违章建筑的事后确认，使之合法化;
5、在违章建筑索赔纠纷中，对违章建筑的业主来说，既有不应当受到法律保护的权益，主要表现为由于擅自建设的违法行为而给行为人带来的利益;又有应当受到法律保护的权益，依法享有的申请补办手续、在限期内进行拆除的合法权益。对这两种性质不同的权益，应当区别对待，分别作出适当处理。
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