1、质量不合格、未完成工程的工程价款结算问题
2、工程变更后的工程价款结算问题
3、因工程价款计价标准或结算方式约定不明产生的结算纠纷
4、因工程量或者质量标准变化产生的结算纠纷
5、已送审价为准的结算纠纷
6、竣工决算时间的争议引发纠纷
“竣工”在实际执行过程中的情况比建设工程承包合同的“竣工”要复杂得多。承包方往往为了承揽业务，对发包方在合同中设下的“竣工”概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整体工程没有“竣工”为理由，而拒收承包方的决算报告，继而，发包方以“决算不成熟”为由拒付工程款。
7、违约的争议
无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件、中期擅改设计、未按进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。
一、工程量未结算纠纷相关法律规定
《最高人民关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》：
第十六条当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。
因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第三条规定处理。
第十九条当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。
第二十条当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
第二十一条当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
第二十二条当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。
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