法律分析：员工在公司内部犯罪行为，公司可以采取行政处罚或向司法机关报案等措施。员工在此情况下需要妥善处理与公司的关系，保护自身权益。
法律依据：
1.《中华人民共和国劳动法》第十四条：劳动者有权依法参加工会组织，维护自己的合法权益，并对单位的侵害其合法权益的行为提出申诉或者提起诉讼。
2.《中华人民共和国刑法》第三百零二条：单位犯罪的，可以对单位判处罚金、没收财产等刑罚，并可以对直接责任人员判处剥夺政治权利和刑事拘留等刑罚。
3.《中华人民共和国公司法》第一百四十三条：有关公司的经营活动所涉及的权利和义务，受法律保护和制约。
员工在公司指控其犯罪时，应及时了解公司的相关规定，并与公司协商处理方式。如若公司违反法律规定采取不当行为，员工可以申诉或提起诉讼维护自身权益。同时员工应该尊重法律，积极配合司法机关调查，不得阻碍司法机关的正常工作。
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