食品经营许可证的办理流程如下：
一、申请：申报人通过食品药品监督管理局网进行网上申报。
二、受理：网上提交成功后5个工作日内对资料进行审核，材料不齐全或不符合要求的，通过网上审批系统向申请人发出补正材料通知；不属于本部门职权范围或申请事项不需行政许可的，不予受理，并通过网上审批系统向申请人发出不予受理的理由及通知；符合申请要求的，向申请人发出电子《受理通知书》。
三、审查：审查过程中，如有需配合环节，申请人应积极配合。
四、决定：决定机构作出准予许可或不予许可的决定。
五、制证发证：
1、准予许可的事项，网上即时生成《药品生产许可证》电子证书。生成电子证书的同时，即时通知申请人可获取行政许可电子证书，或申请人可凭《受理通知单》和身份证领取证件。
2、不予许可的事项，网上发出电子《不予行政许可决定书》，系统即时通知企业，并同步在电子证书公示平台上公示。
在其中，大家需要注意的是：食品经营许可证是到食药监局办理，在食药监局网站上可以查询所需的资料，有疑问的可以打电话到食药监局进行咨询。另外，如果食药监局和工商局合并了，便是到市场监督局。
扩展资料：
一、食品经营许可证网上申请
1、企业用户注册登陆
企业用户要想进行网上办理食品流通许可业务，先注册用户，然后登陆进入系统进行网上申办。
2、业务类型说明
选择自己要办理的选择业务类型然后进行登记办理。
3、填写对应的申请信息
在对应的业务类型中填写相应的信息，填写完后请认真核对信息的正确性，点击”保存“按钮进行保存，点击”打印“按钮，打印出相应的申请表和申请回执。
4、到窗口申请
在网上进行了预报后，带齐申请材料到对应的窗口(食药监窗口)进行办理。同意受理之后，会上门核查场地，这个环节过了，就等着拿证了。
法律依据：
《中华人民共和国行政许可法》第二十九条公民、法人或者其他组织从事特定活动，依法需要取得行政许可的，应当向行政机关提出申请。申请书需要采用格式文本的，行政机关应当向申请人提供行政许可申请书格式文本。申请书格式文本中不得包含与申请行政许可事项没有直接关系的内容。申请人可以委托代理人提出行政许可申请。但是，依法应当由申请人到行政机关办公场所提出行政许可申请的除外。
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