法律分析：1、登录自然人电子税务局（扣缴端）；2、点击退付手续费核对按钮；3、等待系统自动查询出退付手续费信息后核对数据是否准确，具体数据可与查询统计-单位申报记录查询中的申报信息进行详细核对，核对时需注意税款所属期和实际入库期问题；4、核对无误后，点击我已核对无误按钮提交、确认。后续无需其他操作，等待税务局通知即可。
个人所得税代扣代缴手续费返还，可以通过登录自然人电子税务局扣缴端申请，具体步骤如下：
1、首先登录自然人电子税务局扣缴端；
2、进入扣缴端界面，点击左侧菜单栏下方“退付手续费核对”——点击“获取结报单”——等待系统自动获取结报单和单户核对清册；
3、核实结报单和单户核对清册当中的内容——无误后，点击“我已核对无误”——进行提交；
4、系统弹出“代扣代缴手续费退费申请”——选择“开户银行”、“银行账号”、“开户银行网点”——阅读声明——提交——弹出“确认信息”弹框——点击确定。
完成以上步骤后，经税务机关审核完成后，即可返还相应的手续费。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第九条 个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
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