代扣代缴个人所得税返还的2%手续费及代扣代缴预提所得税返还的手续费均不属于不征税收入、免税收入，应作为应税收入，征收企业所得税。
个人办理代扣代缴税款手续，按规定取得的扣缴手续费，暂免征收个人所得税。
一、独资企业如何纳税
《个人所得税法》第十二条规定，纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。纳税人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，按月或者按次计算个人所得税，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。
个人独资企业不具有法人资格，虽然可以起字号，并可以对外以企业名义从事民事活动，但也只是自然人进行商业活动的一种特殊形态，属于自然人企业范畴。法人独资是指由一个具有法人资格的企业作为唯一出资股东设立的公司。它虽然是企业，但实际上它是比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。既然是按照征收个人所得税，那么个人独资企业需缴纳的税种有，、城建税、教育费附加、地方教育附加、个人所得税等，不需要缴纳企业所得税。具体需要缴纳的税种根据企业的经营情况而定。
二、个人所得税正确的申报时间是怎么规定的？
《个人所得税法》第十四条，扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。纳税人办理汇算清缴退税或者扣缴义务人为纳税人办理汇算清缴退税的，税务机关审核后，按照国库管理的有关规定办理退税。
两处或者两处以上取得工资、薪金收入的纳税人，在实行单位代扣代缴的同时，纳税人应将其多处取得的“工资、薪金收入”合并按税法规定扣除一次费用，选择并固定在其中一地税务机关自行申报纳税。对单位已扣的税款，可凭完税凭证在应纳税款中抵扣。特定行业的工资、薪金所得应纳的税款，可以实行按年计算、分月预缴的方式计征，具体办法由规定。
因此，扣缴义务人应该在发放工资代扣个人所得税的次月15日内办理申报。
三、工资怎么交税
工资计算交税方式如下：个人所得税采取源头扣缴、自行申报的方式征收。缴纳所得的单位或者个人是个人所得税的扣缴义务人；有两个以上地方有工资、薪金所得，没有扣缴义务人，或者有扣缴义务人，扣缴义务人未依照税法规定代扣代缴税款的，纳税人应当自行申报纳税；工资性个人所得税的计算公式为：应纳税额等于工资乘以适用税率-速算扣除数，个税起征点为五千元。
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