公积金贷款不会自动扣除公积金里的钱，办理公积金贷款会根据公积金账户中剩余的钱来确定贷款额度，但不会影响本身已有的余额。如果职工有需要的话可以去办理公积金还贷，每月会从公积金账户中扣钱用于每月还贷。
一、申请公积金还款需要什么条件：
1、申请提取公积金还款时，提取还款人的住房公积金缴存正常，不能出现停缴、缓缴的情况。
2、申请提取公积金还款时，借款人必须正常还款两个月以上，信用良好，无逾期行为。
3、提取公积金还款的借款人在办理提取还贷申请时，其住房公积金缴存账户里应留足6个月以上的缴存额度。
二、如何办理公积金还款
1、市公积金管理工作人员介绍讲:如果购房时间还未满一年，可以办理每月直接从公积金账户扣款还贷，如果购房已 过一年时间的公积金账户中的金额则可以提取还贷自己以及配偶所购的房子。取的公积金金额不足时委托人应及时补足。这种方法不仅可以冲商业性的贷款本息还可以冲公积金的贷款本息。
2、办理完住房人公积金贷款后借款人手中都会有住房公积金的存储卡一张，然后银行贷款通过此卡每月偿还。如果有需要部分提前还款的，那么可以在其每个月的固定还款日期前存入偿还金额要注意的是提前三个工作日，也就是预存所需提前还贷的金额往公积金存储卡内缴存，然后通过进行电话语言系统操作。
3、住房公积金管理会到了固定扣款日期会自动扣除提前还款金额，然后还款金额以及新的利息便于日后每月还款会重新生成新的日期。每年一次性冲还贷款本金并且按还贷后的剩余贷款本金和还款期限重新计算月还款额。一次性冲还贷之后每月的还款不使用公积金帐户里的钱需要使用客户的自有资金。
法律依据：
《住房公积金管理条例》
第二十五条 职工提取住房公积金账户内的存储余额的，所在单位应当予以核实，并出具提取证明。
职工应当持提取证明向住房公积金管理中心申请提取住房公积金。住房公积金管理中心应当自受理申请之日起3日内作出准予提取或者不准提取的决定，并通知申请人；准予提取的，由受委托银行办理支付手续。
第二十六条 缴存住房公积金的职工，在购买、建造、翻建、大修自住住房时，可以向住房公积金管理中心申请住房公积金贷款。
住房公积金管理中心应当自受理申请之日起15日内作出准予贷款或者不准贷款的决定，并通知申请人；准予贷款的，由受委托银行办理贷款手续。
住房公积金贷款的风险，由住房公积金管理中心承担。
