土地承包合同纠纷主要有：1、法律和的变化引起的纠纷；管理混乱引起的纠纷；2、村干部权利滥用引发的纠纷；3、基层利用职权强行干预引发的纠纷；4、经济利益驱动引发的纠纷。
【法律依据】
《农村土地承包法》第五十五条因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民起诉。《农村土地承包法》第五十六条任何组织和个人侵害土地承包经营权、土地经营权的，应当承担民事责任。《农村土地承包法》第五十九条当事人一方不履行合同义务或者履行义务不符合约定的，应当依法承担违约责任。
