财政部、国家税务总局《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔〕60号)第五条第二款规定，被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。除了财税〔〕60号文件中清算股权所得税处理需要区分股息性质所得与股权转让所得之外，其他情形下发生的股权转让，应如何处理呢目前，涉及居民企业之间股权转让的规定有以下3项：
1、《企业所得税法实施条例》第十一条第二款规定，投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得剩余资产减除上述股息所得后的余额，超过或者低于投资成本的部分，应当确认为投资资产转让所得或者损失。财税〔〕60号文件第五条第二款与条例上述规定一致。
2、《企业所得税法实施条例》第七十一条第二款及第三款规定，企业转让或者处置投资资产时，投资资产的成本准予扣除。投资资产成本为购买价款或该资产的公允价值和支付的相关税费。国家税务总局《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函〔〕79号)第三条规定，转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
3、财政部、国家税务总局《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔〕59号)对股权转让涉及企业重组情形时的处理作了规定。对于股权转让时是否要确认转让收益，该文件规定，一般重组要将股权处置进行相应股权转让或清算的所得税处理而特殊重组中，新取得股权的计税基础要以其原持有股权的计税基础来确定。对交易中的股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
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