南京医疗保险住院报销比例如下：
职工医保的住院报销比例，住院费一千三百元至三万元之间的为85%；三万元至四万元之间的报销比例为90%，四万元至十万元之间的报销比例为95%，十万元至三十万元之间的报销比例为85%。居民医保报销比例，一级医院报销比例为65%，二级医院6000以上报销比例为80%。
医保报销标准：
1、居民报销比例：镇卫生院报销60%；二级医院报销40%；三级医院报销30%；
2、城镇居民，在一个结算年度内，发生符合报销范围的10万元以下的医疗费，三级医院起付标准为659元，报销比例为50%上限为2000元；二级医院住院起付标准为300元，报销比例为55%；一级医院不设起付标准，报销比例为60%；
3、异地报销的，报销需要回老家参保地，报销比例在35-65%，根据医院级别而比例不同。
医疗保险报销流程：
1、确认报销范围：在治疗过程中，需要确认自己的治疗项目是否属于医疗保险报销范围内；
2、收集报销材料：收集相关的治疗记录、药品收据、医疗费用清单等相关材料；
3、到社保部门办理报销：将相关材料提交给当地社保部门，办理医疗保险报销手续；
4、等待审核：社保部门会进行相关审核和比对，确认报销比例和报销金额；领取报销款项：审核通过后，可以在指定的银行领取医疗保险报销款项。
综上所述，各个地区住院医保的报销比例都不相同，城乡居民长期在异地居住的，男满60周岁、女满55周岁的城乡居民及在异地务工的城乡居民、随其生活的学生儿童，办理了异地就医登记备案的，在登记备案就医地住院起付线标准为一级医院400元，二级800元，三级2000元，报销比例执行本地定点医院报销比例。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第二十
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
